肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。
典型的肛瘘就是一根通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。非典型肛瘘一般只有内口而没有外口，或虽有内口又有外口，但中间瘘管闭塞，或只有外口，内口找不到，或干脆就只有一硬结。
肛瘘占肛肠病的发病率，国内统计为1.67%～2.6%，国外为8%～20%。发病年龄以20～40岁青壮年为主。婴幼儿发病者亦不少见，主要见于男孩，女孩少见，男女孩比例为5：1。
肛瘘是最常见肛肠疾病之一，发病率也非常高，占整个肛肠疾病的40%左右。
第一阶段
肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若未能及时治疗，炎症会向肛门周围蔓延。
第二阶段
炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。假如炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
第三阶段
鉴于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，便成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。
若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散治愈，不遗留后遗症;如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。
第四阶段
肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，反复感染，反复发作，经久不能自愈，而成为瘘管。
