瘘管有直有弯，少数有分支，外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤，由于病原菌不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内外括约肌附近管壁由纤维组织构成管内有肉芽组织，故经久不愈。
1、肛门周围脓。主要因污感、粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。
2、 直肠肛门损伤。外伤、来自消化道的滑性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。
3、瘘道多在肛门括约肌之间通过。由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压近瘘道。影响脓液的排出。容易贮脓感染而难于愈合。4 、肛门直肠周围脓肿破溃后。脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和伤口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
5、肛门静脉回流不畅。局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
6、结核杆菌、放线菌等感染。克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
7、脓肿。肛管直肠周围脓肿有2大类：一类与肛腺及肛瘘有关，称为原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿，简称瘘管性脓肿，较多见。
8、性激素。有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因，在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖。
9、病原菌。肛瘘有原发性内口，瘘管，支管和继发性外口，内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。
