1、结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
2、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
3、瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。
4、肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
5、直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
6、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。
7、肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
真实病例：陈先生是一个患有10年肛瘘史的人，每当劳累过度、饮酒过量时，便出现肛门肿胀、大便过硬或腹泻、便痛、肛旁流脓血水的状况。虽然去医院看过多次，但医生检查后都说他的病情比较复杂，内口隐蔽，不好确定，手术疗效没办法保证，因此就耽误下来。后经检查确诊为高位复杂性肛瘘，肛门周围有 3个黄豆大小的突起，轻度潮红，压之有少许分泌物流出，无明显疼痛;沿突起处到肛门，可触及条索状物，较硬，压之有轻微不适感。这是复杂性肛瘘的典型体征。经治疗后，陈先生很快痊愈，重返工作岗位。
广州东大肛肠医院专家解析：我们在临床上看到的肛瘘，大多数是肛周脓肿的后遗症。其主要表现为肛门周围的外瘘口不断地有少量脓性分泌物排出，刺激周围皮肤，引起瘙痒不适。当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓性液体不能排出，即形成脓肿。此时可出现直肠肛管周围脓肿的症状，并有不同程度的局部红肿、疼痛、发热、全身乏力。脓肿自行破溃或切开引流后，症状才慢慢消失。这种由于引流不畅形成的脓肿，往往是“疼痛--流脓--缓解”反复出现，这是肛瘘临床表现的特点。肛瘘的内口不消除，便会反复发作，久治不愈，因此肛瘘的治疗关键在于准确找到内口。
